In biologisch onderzoek zijn er verschillende gelegenheden waarin genetische vergelijkingen nodig zijn. Bijvoorbeeld, er zijn tijden wanneer er niet veel informatie over een specifieke organisme of een enzym dat is van belang voor de onderzoeker. Daarom is het handig om te kunnen zoeken naar genetisch soortgelijke organismen of enzymen die beter worden onderzocht. De genetica kan helpen bij het gebruik van deze organismen als basis voor het opzetten van een experiment of achtergrond voor een experiment rechtvaardigen. Genetica kan bovendien worden gebruikt om te bepalen van de evolutionaire relaties tussen organismen. De meer genetisch soortgelijke organismen of enzymen moeten elkaar dan de meer onlangs dat zij vertakt uit een gemeenschappelijke voorouder. Daarom is het nuttig om vertrouwd te raken met dit soort software.
Nationaal centrum voor biotechnologische informatie (NCBI) is een database waar, onder andere genen kunnen worden gemakkelijk zocht en vond. Fundamentele lokale Alignment Search Tool (BLAST) is een tool op NCBI waarmee de vergelijking van de volgorde van een query met alle andere sequenties in de database.
Concepten
Het onderwerp van dit project om mensen vertrouwd met de database en hulpmiddelen te is het enzym Glutathione S-Transferase (GST) in Mus musculus (huismuis). De muis werd gekozen omdat zijn genoom is uitgebreid onderzocht en sequenced. GSTs zijn enzymen die een deel van de cel van de bescherming tegen meerdere gevaarlijke chemische stoffen die worden geproduceerd in de omgeving, zowel binnen het organisme zijn bevonden.
GSTs worden opgesplitst in drie verschillende superfamilies. De grootste van deze superfamilies is de cytosolische en deze superfamilie heeft dertien erkende klassen: alpha, delta, beta, epsilon, zeta, theta, mu, nu, pi, sigma, tau, phi en omega. U kunt elke superfamilie herkennen aan de letter die direct Gst in de sectie van de naam volgt (dat wil zeggen de alpha superfamilie is Gsta) en vervolgens elke superfamilie heeft verschillende categorieën onder hen, die door nummers onderscheiden zich.
Geconserveerde domeinen zijn secties van het genoom die in verschillende soorten gelijkaardig zijn. Dit suggereert dat ze een belangrijke functie voor het organisme vervullen en daarom is het bewaard gebleven door middel van evolutie.
Leveringen
Computer
Internet-verbinding
Websites
http://www.ncbi.nlm.NIH.gov
http://blast.ncbi.nlm.NIH.gov/blast.cgi
Tijd
Dit project moet niet meer dan 20 minuten duren.
