Stap 4: Eiwit oppervlak
Zodra u uw eiwit-bestand gedownload hebt en alle uw afhankelijkheden worden gesorteerd, is het tijd uw bestand te openen in PyMOL!
- Open PyMOL. hebt u de menubalk en de viewer open.
- Ga naar bestand > Open op de menubalk. Zorg ervoor dat PyMOL zoeken voor alle extensies. Open het molecuul-bestand dat u eerder hebt gedownload.
- U ziet uw molecuul open hier in de viewer op dit punt! Ik raden u om te spelen rond met alle weergaven en functies hebt u voor u beschikbaar. Dit is het spannende kruispunt van scheikunde, biologie en technologie tot uw beschikking.
- Enkele nuttige commando's: linker muisknop roteert, middelste muisknop beweegt het molecuul, rechter muis knop beweegt omhoog en omlaag in de z-dimensie. (Meer informatie over basisopdrachten is ligt hier en een cheat sheet ligt
![]()
, hoffelijkheid van de PyMOL Wiki)(Leuk om op te merken: als u het selectievakje Display > Stereo en verander Display > Stereo > stereomodus kunt u 3D het bekijken van recht op uw computerscherm met behulp van Cross-Eye visie of rood-blauw Anaglyph visie inschakelen!)
- Om te renderen uw molecule als een oppervlak, ga naar het vak (Show) van de "S" rechts van de naam van uw proteïne, klikt u op, vervolgens aanwijst als. Vanaf daar kunt u klikken op de oppervlakte optie.
- Hiervandaan kunt u wijzigen hoe uw oppervlak werd gegenereerd, hoe het werd weergegeven, of het heeft kleur met behulp van de instelling > oppervlak menu.
- Zodra u tevreden met uw oppervlak bent, hoofd naar bestand > afbeelding opslaan als > VDML2. Dit zal uw afbeelding opslaan als .wrl bestand, deel van de opmaak van de VRML (Virtual Reality Modeling Language).
U kunt op dit punt, al zijn op het punt waar kunt u uw model naar een plek die zou uitprinten! i.Materialise en Shapeways ondersteunen beide .wrl bestanden. U wellicht uw model naar beneden of omhoog te schalen of roteren, afhankelijk van uw afdrukbehoeften en verlangens. U zou ook naar de haven van uw nieuwe moleculaire bestand een. STL bestand, een van de meest voorkomende 3D modelleren en printen beschikbare indelingen, en de één Makerbot gebruikt. Ik zal ingaan op de talloze 3D manipulatie programma's beschikbaar, en dekking van de basisfuncties die u uitvoeren moet om uw bestand Makerbot .stl klaar.
