Stap 3: Kies een eiwit
Achtergrond: Protein Data Bank
Wanneer biologen en biochemici de structuur van een nieuwe eiwit (meestal door hetzij door middel van röntgendiffractie of NMR spectroscopie ontdekken) zijn zij meestal verplicht voor te leggen van hun nieuwe structuren aan een van verschillende massieve repositories online. Deze structuren kunnen vervolgens worden benaderd door wetenschappers die wilt controleren, gebruik en verbetering van hun bevindingen. Deze repositories zijn beschikbaar voor het publiek, in een poging om de educatie van het publiek over de ontdekkingen worden gemaakt, en de uitkomsten dat hun belastingbetalerdollars Fonds geholpen. Toepasselijk genaamde de Protein Data Bank, heeft iedereen met een computer bijna alle van de ontdekkingen van de moderne wetenschap op hun vingertoppen bij het kiezen van een eiwit model voor afdrukken in 3D.
Banken gebruik
Het onderzoek Collaboratory voor structurele Bioinformatics (RCSB), een samenwerking tussen Rutgers, UCSD en Wisconsin-Madison, gastheren een Protein Data Bank hier, die ik heb gebruikt:
http://pdbbeta.rcsb.org/PDB/Home/Home.do
RCSB deel uitmaakt van een grotere wereldwijde wetenschappelijke samenwerking, genaamd de Wereld brede Protein Data Bank, die links naar RCSB en andere eiwit banken wereldwijd.
Het kiezen van een eiwit: waar te beginnen
De zoekopties voor het kiezen van een eiwit kunnen worden nogal overweldigend als je geen idee waar hebt te beginnen. Als je geen idee hebt wat u zou willen om af te drukken of wat u kunt afdrukken, heeft RCSB een aanbevolen proteïne van de maand. Aanbevolen eiwitten leveren 3D modellen samen met inzichtelijke write-ups en animaties over de functie en betekenis van de moleculen/eiwitten die u interesseren. Als ooit je vinden van een eiwit en wil graag meer weten over het en een fundamentele Wikipedia niet heel vult u in, wordt Proteopedia onderhouden nauw samen met de meeste deelnames van de Protein Data Bank.
Zoekopties
Wanneer u naar een eiwit, laten we zeggen, "hemoglobine zoekt" krijgt u de optie voor het sorteren van de resultaten. Ik zal het uitleggen van de meer interessante Sorteer functies hier.
De sorteermethode die u de grootste selectie geeft is sorteren op organisme. Voor het hemoglobine zoeken alleen hebben we resultaten uit honderden verschillende organismen (niet alleen dieren, ook!). Probeer het nemen van een blik op de verschillen tussen het hemoglobine van een mens, een mens met sikkelcel ziekte, een paard, een potvisof een worm.
Als u een zoekactie doorloopt, vindt u dat er vele verschillende structuren voor een eiwit, afhankelijk van temperatuur, wat voor soort oplossing het eiwit in was, toen wetenschappers ontdekten de structuur, en zijn resolutie (in Ångströms, waar de diameter van een enkel chloor-atoom 1Å is. Een enkel waterstofatoom heeft een diameter van .25Å.) Eiwit structuren zelfs variëren, afhankelijk van wat zij gehecht zijn aan terwijl ze hun werk doen: hemoglobine wijzigingen gestalte aan elke molecuul zuurstof grijpers, en het grijpt 4! (het veranderen van vorm om elke "grab" achtereenvolgens gemakkelijker, coöperatieve bindendegenoemd). Dit zal niet teveel om een 3D print en onze toepassingen van belang, maar uit heel veel onderzoekers: een nauwkeuriger model in een bepaalde voorwaarde zou kunnen betekenen een verschil als het gaat om een experimentele nieuwe drug theoretisch interactie met een eiwit.
De structuur downloaden
Om te downloaden van de 3D-structuur, ga naar de rechterbovenhoek van de pagina van de eiwitten (op RCSB) in de buurt van de benaming van de proteïne (in dit geval 1HHO voor normale menselijke hemoglobine, het eiwit dat zuurstof in de rode bloedcellen vervoert) en klik op downloadbestanden. Download uw proteïne als een VOB-bestand. (Selecteer tekst voor ongecomprimeerde, of. GZ voor een gecomprimeerd bestand dat u zou moet unzip).
