Stap 2: Installeer PyMOL
PyMOL is een gratis en open-source modellering en visualisatie programma voor kleine moleculen en eiwitten. PyMOL heeft een actieve en groeiende Gemeenschap, evenals een aanzienlijk deel van de markt in de wetenschappelijke literatuur, waardoor het een perfect hulpmiddel om te gebruiken voor de creatie en aanpassing van moleculaire modellen. PyMOL kunt u maken en visualiseren van moleculaire modellen, van de traditionele bal en stick model dat benadrukt atomen en obligaties, naar de ruimte vullen modellen die volume en oppervlakken benadrukken. Wij zullen worden afdrukken een ruimte vullen model in dit instructable te geven een idee van wat een eiwit zou eigenlijk uitzien.
De PyMOL Wiki heeft uitstekende documentatie over hoe PyMOL voor alle moderne besturingssystemen installeren. De belangrijkste PyMOL website heeft vooraf samengesteld bouwt voor zowel Mac en Linux beschikbaar. Gelukkig hoeft niet je eigen Windows uitvoerbare uit de broncode compileren (hoewel u zeker kunt als je wilt) - anderen hebben gelukkig al gedaan en de resultaten openbaar gemaakt. Ik zal laten zien stappen zoals geïllustreerd hier voor een installatie van Windows, want dat was het besturingssysteem dat ik gebruik gemaakt.
PyMOL op Mac installeren:
http://www.pymolwiki.org/index.php/MAC_Install
PyMOL installeren op Linux:
http://www.pymolwiki.org/index.php/Linux_Install
PyMOL installeren op Windows:
http://www.pymolwiki.org/index.php/Windows_Install
Kort, en geïllustreerd:
- Volg de link vermeld in stap 2 van de installatiehandleiding van Windows op de PyMOL Wiki.
- Download de juiste versie van PyMOL (aangezien de Python 2.7 ik eerder geïnstalleerd is 64 bits, ik zal het installeren van de 64-bits PyMOL bestand, pymol-1.6.0.0.win-amd64-exe py2.7.).
- Zodra u de .exe PyMOL hebt gedownload, voert u het installatieprogramma. Gebruik van alle standaardinstellingen van de installatie.
- Om te voeren PyMOL, navigeer naar C:\Python27\PyMOL in uw bestandssysteem en de PyMOL.exe-toepassing wordt uitgevoerd. (U kunt ook een snelkoppeling op het bureaublad maken op dit moment).
Nu tijd om te vinden sommige eiwitten!