Stap 2: Uittreksel hersenweefsel met behulp van FreeSurfer
Hersenen weefsel wederopbouw van MRI beeld is een wetenschap op zichzelf. Wat lijkt vrij eenvoudig is eigenlijk een computationeel veeleisende taak. Er zijn verschillende programma's van verschillende complexiteit doen het werk. Het voordeel van FreeSurfer is, dat het loopt zonder in te stellen van eventuele parameters. Dit maakt het makkelijk te gebruiken voor mensen met geen achtergrond van de neurowetenschappen.
Peparation:
Deze stap is noodzakelijk om laat simpele drag & drop tussen de host en de gast-systeem
- Open de VirtualBox en beginnen de FreeSurfer afbeelding
- Klik op apparaat -> plaats gast toevoeging CD-image
- Tweevoudig tikken "autorun.sh", het invoegen van sudo wachtwoord "freesurfer"
- Start de virtuele machine opnieuw (rechter bovenhoek "fsuser" -> opnieuw opstarten)
Brein exctraction
- Sleep uw NIFTI-bestand (brainscan.nii.gz in mijn geval) naar het bureaublad van de virtuele Machine
- Open de Terminal
- Type recon-all - s mybrain-alle -i /home/fsuser/Desktop/brainscan.nii.gz en druk op enter, waarbij brainscan.nii.gz de naam van uw NIFTI-bestand is. (zie afbeelding)
- Wacht tot het proces te voltooien. Na het beëindigen van zal het iets zeggen als "[.] mybrain afgewerkt zonder fout [.] "
Dit kan tot 2 dagen duren afhankelijk van de snelheid van uw computer. Op mijn 4x3Ghz duurde het 12 uur. U kunt onderbreken en hervatten van de Virtualbox op elk gewenst moment met behulp van "Machine -> pauze". Deze manier u het proces kunt hervatten na het uitschakelen van uw hostcomputer.-
- Als u wilt om dit proces te versnellen, wilt u misschien overwegen de virtuele machine meer RAM-geheugen en het gebruik van meer CPU's (kunt u dat doen in de instellingen van de computer). Moet u opnieuw opstarten van de virtuele machine daarna.
- Als het Freesurfer proces wordt geannuleerd of crasht die u wilt gebruiken de naam van een ander onderwerp (mybrain2) of wegvagen naar de vouwblad onderwerp om opnieuw te proberen.
- Wat er gebeurt op de achtergrond: FreeSurfer zal proberen verschillende dingen om te bepalen van de beste hersenen extractie parameters. Het zal duizenden verschillende parameters doorlopen en zien als de resultaten goed of niet zijn. Dit is nodig omdat elke hersenen verschillend is en verschillende parameters vereist zijn.
(Als u wilt dat alle verdere informatie over FreeSurfer, leest u hier)