Toewijzing microben (2 / 3 stap)

Stap 2: Uitvoeren DNA Sequencing op verzamelde Specimen

A DNA sequencing faciliteit zal de microbiële DNA halen uit uw model en de reeks specifieke gebieden van het genoom aanwezig in het monster. De regio van het genoom die gesequentieerd moet worden, hangt gedeeltelijk af welke organismen je probeert te identificeren. U zou één ding voor dieren (bijvoorbeeld CO1) en een andere voor microben (bijvoorbeeld rRNA) volgnummer.

De genen van ribosomaal RNA (rRNA) zijn vaak onderzocht door biologen voor identificatie van microben. Ze zijn gemeenschappelijk, oude en zeer geconserveerde in soorten. Verschillende microben hebben verschillende versies van rRNA-genen. De specifieke versie van een bezeten door een organisme rRNA-gen kan helpen wetenschappers (en u!) vertellen elkaar een microbe van elkaar.

16S ribosomal RNA gen sequencing is vooral handig in een soort bacterie van andere te onderscheiden. Is het een cyanobacterium, proteobacteriumof een firmicute? Afhankelijk van het aantal verschillende bacteriën in je originele monster, eventueel de sequencing resultaten honderden of duizenden! van unieke 16S rRNA sequenties. Elke opeenvolging van DNA zullen 200-300 basenparen lang en kan worden gebruikt voor het karakteriseren van de bacteriën die waren aanwezig op het oppervlak waar u een exemplaar hebt verzameld.

Met een heleboel 16S rRNA gene sequencedata zal u helpen te bepalen de microben die op het oppervlak waar u een monster verzameld waren. Maar deze analyse vereisen sommige werkzaamheden in bioinformatics. Bijvoorbeeld, u zou uw reeks gegevens vergelijken met de gegevens die beschikbaar is in openbare databases, om te zien als anderen een microbiële DNA met overeenkomsten tot uw gegevens hebben gekenmerkt.

Waarom niet delen van uw data online en laat anderen helpen u karakteriseren het? Buiten de menigte-sourcing de computationele inspanning, zijn er vele opwindende mogelijkheden zodra mensen beginnen met het delen van hun gegevens...